יחידה זו פועלת בזיקה לארגון אונסקו העולמי ולוועד הישראלי לאונסקו כדי לקדם את החינוך הומניסטי בישראל ובעולם
היחידה להדרכה וליווי של מוסדות חינוך - בראשות ד"ר הדס דקל ייעודה של יחידה זו הוא בניית רשת חינוכית – גני ילדים, בתי ספר, תנועות נוער, רשויות מקומיות ורשתות חינוכיות – הפועלת ברוח ההשקפה ההומניסטית-חברתית של סמינר הקיבוצים והמהווה שדה התנסות לסגל המכללה והסטודנטים (דגם של בית חולים אוניברסיטאי).
היחידה לכנסים וחינוכיים - בראשות ד"ר תמר קטקו ייעוד היחידה הוא לארגן ולהפיק כנסים אקדמיים וחינוכיים, בעלי אופי בינלאומי או כלל-ישראלי, אשר בהם מכללת סמינר הקיבוצים תעמיד תרומה משמעותית לשיח החינוכי - הן במישור הציבורי והן במישור הפרופסיונלי ייעודי. גולת הכותרת של יחידה זו היא הכנס השנתי לחינוך מתקדם
היחידה לכתבי עת - עורך ראשי: פרופ’ נמרוד אלוני ייעודה של יחידה זו הוא להקים ולהפעיל את מערך כתבי העת של סמינר הקיבוצים, ובכללם: "גילוי דעת", "החינוך וסביבו", "מחשבה רב-תחומית בחינוך ההומניסטי" ו"בין המלים".
היחידה לפיתוח קשרים אקדמיים בינלאומיים- בראשות פרופ' נמרוד אלוניהיחידה הבין-תחומית להגות, מחקר ומדיניות מאגדת פורומים אקדמיים הממוקדים בסוגיות עקרוניות ורלוונטיות למערכת החינוך. מטרת היחידה היא לקיים פעילות עיונית ומחקרית ברמה גבוהה בקרב אנשי סגל המכללה, שתוביל בסופו של דבר לכתיבת מאמרים וניירות עמדה של המשתתפים ולפרסומם
פעילות המכון מתקיימת במסגרת חמש יחידות ייעודיות
קתדרת אונסקו לחינוך הומניסטי - בראשות פרופ' נמרוד אלוני
יחידה זו פועלת בזיקה לארגון אונסקו העולמי ולוועד הישראלי לאונסקו כדי לקדם את החינוך הומניסטי בישראל ובעולם
היחידה להדרכה וליווי של מוסדות חינוך - בראשות ד"ר הדס דקל
ייעודה של יחידה זו הוא בניית רשת חינוכית – גני ילדים, בתי ספר, תנועות נוער, רשויות מקומיות ורשתות חינוכיות – הפועלת ברוח ההשקפה ההומניסטית-חברתית של סמינר הקיבוצים והמהווה שדה התנסות לסגל המכללה והסטודנטים (דגם של בית חולים אוניברסיטאי).
היחידה לכנסים וחינוכיים - בראשות ד"ר תמר קטקו
ייעוד היחידה הוא לארגן ולהפיק כנסים אקדמיים וחינוכיים, בעלי אופי בינלאומי או כלל-ישראלי, אשר בהם מכללת סמינר הקיבוצים תעמיד תרומה משמעותית לשיח החינוכי - הן במישור הציבורי והן במישור הפרופסיונלי ייעודי. גולת הכותרת של יחידה זו היא הכנס השנתי לחינוך מתקדם
היחידה לכתבי עת - עורך ראשי: פרופ’ נמרוד אלוני
ייעודה של יחידה זו הוא להקים ולהפעיל את מערך כתבי העת של סמינר הקיבוצים, ובכללם: "גילוי דעת", "החינוך וסביבו", "מחשבה רב-תחומית בחינוך ההומניסטי" ו"בין המלים".
היחידה לפיתוח קשרים אקדמיים בינלאומיים- בראשות פרופ' נמרוד אלוניהיחידה הבין-תחומית להגות, מחקר ומדיניות מאגדת פורומים אקדמיים הממוקדים בסוגיות עקרוניות ורלוונטיות למערכת החינוך. מטרת היחידה היא לקיים פעילות עיונית ומחקרית ברמה גבוהה בקרב אנשי סגל המכללה, שתוביל בסופו של דבר לכתיבת מאמרים וניירות עמדה של המשתתפים ולפרסומם